1402年6月,朱棣率“靖难”大军攻入南京,建文帝下落不明,不久后朱棣正式登基称帝,改年号为永乐。燕王朱棣是通过靖难起事夺取皇位,以武力非法夺取了建文帝政权,社会上流言四起。为此朱棣任用亲信纪纲统领锦衣卫,以加强对社会舆论的监督。但纪纲横行霸道,肆无忌惮,渐渐脱离朱棣的掌控,竟欲篡权谋反。东厂设掌印太监一员,为最高长官,全称职衔为:钦差总督东厂官校办事太监,简称为提督东厂,部属尊称其为“督主”或“厂公”。东厂初设时提督东厂之职由司礼监掌印太监兼任,后因事务繁杂,改由司礼监秉笔太监中位居第二、第三者担任。此外东厂还有掌班、领班、司房等职务,人员不定。
东厂的掌刑官并不是太监,而是用锦衣卫的千户、百户担任。其中有掌刑千户一人,理刑百户一人,也称之贴刑官。至于那些“基层办案人员”,也全部来自锦衣卫,“轻黠獧巧者乃拨充之”。役长也叫“档头”,“帽上锐,衣青素衤旋褶,系小绦,白皮靴”,专门负责侦查。档头手下有“番子”数人,专门从事抓捕、拷问。
正德元年,以刘瑾为首的“八虎”专权乱政,刘瑾命人杀死东厂太监王岳,命丘聚代之,又设西厂以命谷大用。他们广派侦查人员,东厂的侦缉范围甚至扩大到了全国,连“远州僻壤,见鲜衣怒马作京师语者,转相避匿”。东厂番子在京城活动,谋取私利,他们常常罗织罪名,诬赖良民,之后就屈打成招,趁机敲诈勒索。朝廷官员也遭到迫害,“御史柴文显、汪澄以微罪至凌迟,官吏军民非法死者数千”。此时的东厂才“威名远震”。
崇祯帝即位后,立即将魏忠贤处置,但他并未将东厂废除,反而任命“王体乾、王永祚、郑之惠、李承芳、曹化淳、王德化、王之心、王化民、齐本正等相继领厂事,告密之风未尝息也”。1642年御史杨仁上疏建议废除东厂,崇祯帝依旧没有采纳,反而为东厂辩护。1644年3月备受崇祯帝信赖的太监打开彰义门,北京城陷落,崇祯帝自缢,大明王朝灭亡,而建立224年的东厂也宣告灭亡。
东厂原本是皇帝为巩固皇权所建立的特务机构,但却最终成为宦官专权的工具。更加讽刺的是,在东厂大堂内悬挂着岳飞的画像,提醒着东厂的缇骑办案毋枉毋纵,而且堂前还竖立着一座“百世流芳”的牌坊,实在是可笑之极。